O MEC passa a ter duas novas pastas: a Secretaria de Regulação e Supervisão da Educação Superior (que trata do cumprimento da legislação na educação superior). A secretaria conta com três diretorias responsáveis por implantar políticas de regulação e supervisão de educação superior presencial, a distância e educação profissional e tecnológica. O titular da pasta será o professor Luís Fernando Massonetto, da USP. A segunda pasta é a Secretaria de Articulação com os Sistemas de Ensino, cuja função será a de estimular a cooperação entre os governos federal, estadual e municipal para a criação de um sistema de educação nacional. Também terá três diretorias que atuarão nas seguintes áreas: cooperação e planos de educação, articulação dos sistemas de ensino e valorização dos profissionais da educação. A professora Cláudia Dutra assume o comando da segunda pasta.