Os temas propostos pelo programa giram em torno das seguintes áreas:
- Biotecnologia e Saúde
- Alimentos
- Tecnologias Verdes e Desenvolvimento Sustentável
- Logística Aplicada a Biotecnologia, Processamento e Transporte de Alimentos
- Aeronáutica e Espaço
- Mecânica
As propostas devem ser submetidas por pesquisadores associados a pequenas empresas (com até 250 funcionários) que tenham sede e realizem pesquisa no Estado de São Paulo. As propostas deverão seguir as normas do Programa Fapesp Pesquisa Inovativa em Pequenas Empresas (PIPE).
A Fapesp escolherá até 10 projetos, tendo duração de nove a 24 meses.