No mestrado acadêmico, a área de concentração é em Engenharia de Processos Químicos e Bioquímicos, nas seguintes linhas de pesquisa:

- Alimentos

- Biotecnologia

- Catálise, Cinética e Reatores

- Controle, Instrumentação e Segurança de Processos

- Energia

- Fenômenos de Transporte e Processos de Separação

- Gestão e Inovação Tecnológica

- Materiais

- Modelagem, Simulação e Otimização de Processos

- Tecnologia Ambiental

- Tecnologia Química

- Termodinâmica, Modelagem e Simulação Molecular

Já no mestrado profissional, são quatro as áreas de concentração: Processos de Produção de Produtos Petroquímicos e Fertilizantes; Projetos de Unidades Petroquímicas e de Fertilizantes; Processos de Produção de Biocombustíveis; e Projeto de Biocombustíveis, nas seguintes linhas de pesquisa:

- Engenharia Ambiental

- Engenharia, Controle e Otimização de Processos de Unidades de Biocombustíveis e Bioprodutos

- Engenharia, Controle e Otimização de Processos Petroquímicos e de Fertilizantes

- Fertilizantes

- Gestão e Inovação Tecnológica da Produção de Biocombustíveis e Bioprodutos

- Gestão e Inovação Tecnológica de Processos Petroquímicos e de Fertilizantes

- Processos e Produtos Petroquímicos

- Produção de Biocombustíveis

- Produção de Combustíveis Alternativos

- Química Verde

- Tratamento de Efluentes

- Valorização de Resíduos e Matérias-Primas

Mais informações podem ser obtidas no edital nº 330/2017 no site da UFRJ.