O curso está dividido nas seguintes linhas de pesquisa:
- Instrumentos de Política Ambiental
- Climatologia Aplicada
- Ecotoxicologia
- Limnologia
- Planejamento e Gerenciamento de Recursos Hídricos
- Sustentabilidade e Gestão Ambiental
- Aplicações das Ciências Ambientais
Mais informações podem ser obtidas no edital nº 01/2014 no site da EESC-USP.